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Séquençage du génome entier (WGS) d'isolats bactériens

Caractérisation génomique avancée d’isolats bactériens pour la recherche et la gestion du risque microbiologique

Caractérisation génomiquepour comprendre et maîtriser le risque microbiologique

L’identification conventionnelle des micro-organismes au moyen de techniques phénotypiques ou génétiques partielles fournit, dans de nombreux cas, des informations insuffisantes pour aborder des situations complexes telles que l’investigation des épidémies, la traçabilité des contaminations, la persistance microbienne dans les installations ou l’évaluation avancée du risque microbiologique. Dans un contexte d’exigences croissantes de la part des autorités, des clients et des systèmes d’autocontrôle, les entreprises ont besoin d’outils permettant une caractérisation approfondie et précise des isolats bactériensau-delà de l’identification au niveau de l’espèce.

Disposer d’informations génomiques complètes est essentiel pour comprendre les relations entre les isolats, comparer les souches et appuyer de manière solide la prise de décisions en matière de sécurité des aliments et de contrôle de l’hygiène.

Notre solution

Séquençage du génome entier d'isolats bactériens

Le service de séquençage complet d'isolats bactériens (Whole Genome Sequencing, WGS) proposé par AINIA repose sur l'analyse du génome complet de bactéries préalablement isolées au moyen de techniques de culture.

Caractérisation génomique et analyse bioinformatique

Le séquençage et l'analyse bioinformatique associée permettent d'obtenir une caractérisation exhaustive de l'isolat, comprenant son identité génétique, ses relations phylogénétiques et la présence d'éléments génétiques d'intérêt.

Interprétation des résultats par des experts

L'interprétation des résultats par des experts est réalisée en tenant compte du contexte du produit, du procédé et de l'environnement, en fournissant des informations techniques de grande valeur pour les études de traçabilité, les investigations d'incidents et l'appui à la gestion du risque microbiologique.

Applications

Impact et bénéfices

Haute résolution dans la caractérisation et la différenciation des isolats bactériens.
Amélioration de la capacité de traçabilité et d'attribution des sources de contamination.
Renforcement de la base scientifique pour la prise de décisions dans des situations complexes.
Complément avancé aux techniques classiques de microbiologie et de biologie moléculaire.
Appui technique solide lors d'audits, d'investigations d'incidents ou d'interactions avec les autorités.

Cas d’utilisation

Traçabilité des contaminations et persistance des souches dans l'usine

Les entreprises alimentaires utilisent le séquençage complet d’isolats bactériens pour étudier la relation entre les isolats obtenus dans les produits et sur les surfaces de l’usine (traçabilité), afin de déterminer les sources possibles de contamination et d’évaluer la persistance de certaines souches. L’analyse génomique permet d’établir des comparaisons précises entre les isolats et de fournir des données techniques probantes et solides pour orienter les actions de contrôle et de prévention.

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Sonia Marco

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